Após enfrentar hordas de zumbis, chegou a hora dos soldados de "Combat Arms" invadirem o quartel general da NEMEXIS no mapa NEMEXIS HQ, que está disponível para o modo Equipe Armada.
Como em outros mapas da modalidade, aqui os jogadores enfrentam inimigos controlados pelo computador. Personagens que morrerem no caminho têm a chance de voltar caso os companheiros passem por pontos específicos do cenário, além de terem suas munições e vidas recarregadas.
NEMEXIS HQ tem três níveis de dificuldade:
Normal, Difícil e Extremo.
Caso cumpram o desafio nas duas últimas os jogadores são premiados com uma Red Ninjato ou uma Gold Ninjato (Difícil e Extremo, respectivamente), armas que substituem a faca e ficam no inventário do personagem por um dia.
